| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 3:0 |
| FC Bayern | - | MSV Duisburg | 3:1 | MSV Duisburg | - | FC Bayern | 0:3 |
| FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 6:1 | FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 0:4 |
| SC Freiburg | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | SC Freiburg | 2:0 |
| FC Bayern | - | Hamburger SV | 5:3 | Hamburger SV | - | FC Bayern | 0:2 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 1:0 |
| FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 2:2 | BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 2:2 |
| FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:3 | FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 1:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 4:0 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 2:1 |
| SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 3:1 |
| FC Bayern | - | TSV 1860 München | 3:1 | TSV 1860 München | - | FC Bayern | 1:1 |
| VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 4:2 |
| FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 2:0 | VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 0:2 |
| Hertha BSC | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | Hertha BSC | 1:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 2:0 | 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 2:0 |
| VfL Bochum | - | FC Bayern | 2:2 | FC Bayern | - | VfL Bochum | 4:2 |
| FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 2:0 | TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 1:2 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 24 | 6 | 4 | 76:28 | +48 | 78 |
| 2 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 17 | 12 | 5 | 61:30 | +31 | 63 |
| 3 | Hertha BSC | 34 | 18 | 8 | 8 | 59:32 | +27 | 62 |
| 4 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 16 | 9 | 9 | 48:34 | +14 | 57 |
| 5 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 17 | 6 | 11 | 51:47 | + 4 | 57 |
| 6 | VfL Wolfsburg | 34 | 15 | 10 | 9 | 54:49 | + 5 | 55 |
| 7 | Hamburger SV | 34 | 13 | 11 | 10 | 47:46 | + 1 | 50 |
| 8 | MSV Duisburg | 34 | 13 | 10 | 11 | 48:45 | + 3 | 49 |
| 9 | TSV 1860 München | 34 | 11 | 8 | 15 | 49:56 | - 7 | 41 |
| 10 | FC Schalke 04 | 34 | 10 | 11 | 13 | 41:54 | -13 | 41 |
| 11 | VfB Stuttgart | 34 | 9 | 12 | 13 | 41:48 | - 7 | 39 |
| 12 | SC Freiburg | 34 | 10 | 9 | 15 | 36:44 | - 8 | 39 |
| 13 | SV Werder Bremen | 34 | 10 | 8 | 16 | 41:47 | - 6 | 38 |
| 14 | FC Hansa Rostock | 34 | 9 | 11 | 14 | 49:58 | - 9 | 38 |
| 15 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 9 | 10 | 15 | 44:54 | -10 | 37 |
| 16 | 1. FC Nürnberg | 34 | 7 | 16 | 11 | 40:50 | -10 | 37 |
| 17 | VfL Bochum | 34 | 7 | 8 | 19 | 40:65 | -25 | 29 |
| 18 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 4 | 9 | 21 | 41:79 | -38 | 21 |
| Erste Runde | LR Ahlen | - | FC Bayern | 0:5 |
| Zweite Runde | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Bayern | 0:0 n.V., 3:4 i.E. |
| Achtelfinale | MSV Duisburg | - | FC Bayern | 2:4 |
| Viertelfinale | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 3:0 |
| Halbfinale | SC Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Bayern | 1:3 |
| Finale | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 1:1 n.V., 4:5 i.E. |
| Qualifikation | FC Bayern | - | FK Obilic Belgrad | 4:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FK Obilic Belgrad | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Vorrunde | Bröndby IF | - | FC Bayern | 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Manchester United FC | 2:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Barcelona | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Barcelona | - | FC Bayern | 1:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Bröndby IF | 2:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Manchester United FC | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Viertelfinale | FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Halbfinale | FK Dynamo Kiew | - | FC Bayern | 3:3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FK Dynamo Kiew | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Finale | FC Bayern | - | Manchester United FC | 1:2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||