| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC Bayern | - | Hamburger SV | 2:2 | Hamburger SV | - | FC Bayern | 0:0 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 2:0 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 4:1 |
| FC Bayern | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 | SpVgg Unterhaching | - | FC Bayern | 0:2 |
| MSV Duisburg | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | MSV Duisburg | 4:1 |
| SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 4:1 |
| FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 0:1 | VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 2:0 |
| FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 4:1 |
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 3:1 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 1:1 |
| 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:2 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 5:0 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 1:1 |
| SSV Ulm 1846 | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | SSV Ulm 1846 | 4:0 |
| FC Bayern | - | SC Freiburg | 6:1 | SC Freiburg | - | FC Bayern | 1:2 |
| TSV 1860 München | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | TSV 1860 München | 1:2 |
| FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 1:1 | BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 0:1 |
| FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 0:3 | FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 4:1 |
| FC Bayern | - | DSC Arminia Bielefeld | 2:1 | DSC Arminia Bielefeld | - | FC Bayern | 0:3 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 3:1 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 22 | 7 | 5 | 73:28 | +45 | 73 |
| 2 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 21 | 10 | 3 | 74:36 | +38 | 73 |
| 3 | Hamburger SV | 34 | 16 | 11 | 7 | 63:39 | +24 | 59 |
| 4 | TSV 1860 München | 34 | 14 | 11 | 9 | 55:48 | + 7 | 53 |
| 5 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 15 | 5 | 14 | 54:59 | - 5 | 50 |
| 6 | Hertha BSC | 34 | 13 | 11 | 10 | 39:46 | - 7 | 50 |
| 7 | VfL Wolfsburg | 34 | 12 | 13 | 9 | 51:58 | - 7 | 49 |
| 8 | VfB Stuttgart | 34 | 14 | 6 | 14 | 44:47 | - 3 | 48 |
| 9 | SV Werder Bremen | 34 | 13 | 8 | 13 | 65:52 | +13 | 47 |
| 10 | SpVgg Unterhaching | 34 | 12 | 8 | 14 | 40:42 | - 2 | 44 |
| 11 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 9 | 13 | 12 | 41:38 | + 3 | 40 |
| 12 | SC Freiburg | 34 | 10 | 10 | 14 | 45:50 | - 5 | 40 |
| 13 | FC Schalke 04 | 34 | 8 | 15 | 11 | 42:44 | - 2 | 39 |
| 14 | SG Eintracht Frankfurt* | 34 | 12 | 5 | 17 | 42:44 | - 2 | 39 |
| 15 | FC Hansa Rostock | 34 | 8 | 14 | 12 | 44:60 | -16 | 38 |
| 16 | SSV Ulm 1846 | 34 | 9 | 8 | 17 | 36:62 | -26 | 35 |
| 17 | DSC Arminia Bielefeld | 34 | 7 | 9 | 18 | 40:61 | -21 | 30 |
| 18 | MSV Duisburg | 34 | 4 | 10 | 20 | 37:71 | -34 | 22 |
| Vorrunde | FC Bayern | - | PSV Eindhoven | 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Glasgow Rangers FC | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | CF Valencia | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| CF Valencia | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| PSV Eindhoven | - | FC Bayern | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Glasgow Rangers FC | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Zwischenrunde | Rosenborg BK Trondheim | - | FC Bayern | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FK Dynamo Kiew | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Real Madrid CF | - | FC Bayern | 2:4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Real Madrid CF | 4:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Rosenborg BK Trondheim | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FK Dynamo Kiew | - | FC Bayern | 2:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Viertelfinale | FC Porto | - | FC Bayern | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Porto | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Halbfinale | Real Madrid CF | - | FC Bayern | 2:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Real Madrid CF | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||