| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 4:1 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 1:3 |
| VfL Bochum | - | FC Bayern | 0:3 | FC Bayern | - | VfL Bochum | 3:2 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 3:1 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 1:3 |
| VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 2:1 | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 1:0 |
| FC Bayern | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 | SpVgg Unterhaching | - | FC Bayern | 1:0 |
| 1. FC Köln | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | 1. FC Köln | 1:1 |
| FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 0:1 | FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 3:2 |
| FC Energie Cottbus | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | FC Energie Cottbus | 2:0 |
| FC Bayern | - | TSV 1860 München | 3:1 | TSV 1860 München | - | FC Bayern | 0:2 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 2:3 |
| FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 6:2 | BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 1:1 |
| FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 3:2 | FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 1:3 |
| FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 1:2 | SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 0:2 |
| SC Freiburg | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | SC Freiburg | 1:0 |
| FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 2:0 | TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 0:1 |
| 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:0 | FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:1 |
| FC Bayern | - | Hamburger SV | 2:1 | Hamburger SV | - | FC Bayern | 1:1 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 19 | 6 | 9 | 62:37 | +25 | 63 |
| 2 | FC Schalke 04 | 34 | 18 | 8 | 8 | 65:35 | +30 | 62 |
| 3 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 16 | 10 | 8 | 62:42 | +20 | 58 |
| 4 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 17 | 6 | 11 | 54:40 | +14 | 57 |
| 5 | Hertha BSC | 34 | 18 | 2 | 14 | 58:52 | + 6 | 56 |
| 6 | SC Freiburg | 34 | 15 | 10 | 9 | 54:37 | +17 | 55 |
| 7 | SV Werder Bremen | 34 | 15 | 8 | 11 | 53:48 | + 5 | 53 |
| 8 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 15 | 5 | 14 | 49:54 | - 5 | 50 |
| 9 | VfL Wolfsburg | 34 | 12 | 11 | 11 | 60:45 | +15 | 47 |
| 10 | 1. FC Köln | 34 | 12 | 10 | 12 | 59:52 | + 7 | 46 |
| 11 | TSV 1860 München | 34 | 12 | 8 | 14 | 43:55 | -12 | 44 |
| 12 | FC Hansa Rostock | 34 | 12 | 7 | 15 | 34:47 | -13 | 43 |
| 13 | Hamburger SV | 34 | 10 | 11 | 13 | 58:58 | ± 0 | 41 |
| 14 | FC Energie Cottbus | 34 | 12 | 3 | 19 | 38:52 | -14 | 39 |
| 15 | VfB Stuttgart | 34 | 9 | 11 | 14 | 42:49 | - 7 | 38 |
| 16 | SpVgg Unterhaching | 34 | 8 | 11 | 15 | 35:59 | -24 | 35 |
| 17 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 10 | 5 | 19 | 41:68 | -27 | 35 |
| 18 | VfL Bochum | 34 | 7 | 6 | 21 | 30:67 | -37 | 27 |
| Erste Runde | FC Schönberg 95 | - | FC Bayern | 0:4 |
| Zweite Runde | 1. FC Magdeburg | - | FC Bayern | 1:1 n.V., 4:2 i.E. |
| Vorrunde | Helsingborgs IF | - | FC Bayern | 1:3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Rosenborg BK Trondheim | 3:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Paris St. Germain | - | FC Bayern | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Paris St. Germain | 2:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Helsingborgs IF | 0:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Rosenborg BK Trondheim | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Zwischenrunde | FC Bayern | - | Olympique Lyon | 1:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Arsenal | - | FC Bayern | 2:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FK Spartak Moskau | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FK Spartak Moskau | - | FC Bayern | 0:3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olympique Lyon | - | FC Bayern | 3:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Arsenal | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Viertelfinale | Manchester United FC | - | FC Bayern | 0:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Manchester United FC | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Halbfinale | Real Madrid CF | - | FC Bayern | 0:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Real Madrid CF | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Finale | FC Bayern | - | CF Valencia | 1:1 n.V., 5:4 i.E. | ||||||||||||||||||||||||||||||||