| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 0:0 |
| FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 3:0 | FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 5:1 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 2:0 |
| FC Bayern | - | FC St. Pauli | 2:0 | FC St. Pauli | - | FC Bayern | 2:1 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 1:1 |
| FC Bayern | - | SC Freiburg | 1:0 | SC Freiburg | - | FC Bayern | 0:2 |
| FC Energie Cottbus | - | FC Bayern | 0:3 | FC Bayern | - | FC Energie Cottbus | 6:0 |
| FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 4:0 | VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 0:2 |
| TSV 1860 München | - | FC Bayern | 1:5 | FC Bayern | - | TSV 1860 München | 2:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 4:1 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:0 |
| 1. FC Köln | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | 1. FC Köln | 3:0 |
| FC Bayern | - | Hamburger SV | 3:0 | Hamburger SV | - | FC Bayern | 0:0 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 2:2 |
| FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 1:2 |
| Hertha BSC | - | FC Bayern | 2:1 | FC Bayern | - | Hertha BSC | 3:0 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 3:3 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 0:1 |
| FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 3:2 |
| 1 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 21 | 7 | 6 | 62:33 | +29 | 70 |
| 2 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 21 | 6 | 7 | 77:38 | +39 | 69 |
| 3 | FC Bayern | 34 | 20 | 8 | 6 | 65:25 | +40 | 68 |
| 4 | Hertha BSC | 34 | 18 | 7 | 9 | 61:38 | +23 | 61 |
| 5 | FC Schalke 04 | 34 | 18 | 7 | 9 | 52:36 | +16 | 61 |
| 6 | SV Werder Bremen | 34 | 17 | 5 | 12 | 54:43 | +11 | 56 |
| 7 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 17 | 5 | 12 | 62:53 | + 9 | 56 |
| 8 | VfB Stuttgart | 34 | 13 | 11 | 10 | 47:43 | + 4 | 50 |
| 9 | TSV 1860 München | 34 | 15 | 5 | 14 | 59:59 | ± 0 | 50 |
| 10 | VfL Wolfsburg | 34 | 13 | 7 | 14 | 57:49 | + 8 | 46 |
| 11 | Hamburger SV | 34 | 10 | 10 | 14 | 51:57 | - 6 | 40 |
| 12 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 9 | 12 | 13 | 41:53 | -12 | 39 |
| 13 | FC Energie Cottbus | 34 | 9 | 8 | 17 | 36:60 | -24 | 35 |
| 14 | FC Hansa Rostock | 34 | 9 | 7 | 18 | 35:54 | -19 | 34 |
| 15 | 1. FC Nürnberg | 34 | 10 | 4 | 20 | 34:57 | -23 | 34 |
| 16 | SC Freiburg | 34 | 7 | 9 | 18 | 37:64 | -27 | 30 |
| 17 | 1. FC Köln | 34 | 7 | 8 | 19 | 26:61 | -35 | 29 |
| 18 | FC St. Pauli | 34 | 4 | 10 | 20 | 37:70 | -33 | 22 |
| Halbfinale | FC Bayern | - | Hertha BSC | 0:1 |
| Erste Runde | SC Paderborn 07 | - | FC Bayern | 1:5 |
| Zweite Runde | VfL Osnabrück | - | FC Bayern | 0:2 |
| Achtelfinale | FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 2:1 |
| Viertelfinale | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:0 n.V., 3:5 i.E. |
| Halbfinale | FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 2:0 n.V. |
| Finale | FC Bayern | - | FC Liverpool | 2:3 |
| Finale | FC Bayern | - | CA Boca Juniors Buenos Aires | 1:0 n.V. |
| Vorrunde | SC Feyenoord Rotterdam | - | FC Bayern | 2:2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | AC Sparta Prag | 0:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FK Spartak Moskau | - | FC Bayern | 1:3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FK Spartak Moskau | 5:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | SC Feyenoord Rotterdam | 3:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| AC Sparta Prag | - | FC Bayern | 0:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Zwischenrunde | FC Bayern | - | Manchester United FC | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Nantes Atlantique | - | FC Bayern | 0:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Boavista Porto | - | FC Bayern | 0:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Boavista Porto | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Manchester United FC | - | FC Bayern | 0:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Nantes Atlantique | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Viertelfinale | FC Bayern | - | Real Madrid CF | 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Real Madrid CF | - | FC Bayern | 2:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||