| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Hamburger SV | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | Hamburger SV | 3:0 |
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 1:1 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 0:0 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 4:1 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 2:0 |
| FC Bayern | - | DSC Arminia Bielefeld | 1:0 | DSC Arminia Bielefeld | - | FC Bayern | 3:1 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 2:2 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 5:0 |
| FC Bayern | - | SC Freiburg | 3:1 | SC Freiburg | - | FC Bayern | 0:1 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 1:0 |
| FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 0:1 | FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:0 |
| FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 3:1 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 2:0 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 0:3 |
| VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 2:0 | FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 2:1 |
| FC Bayern | - | SV Hannover 96 | 3:0 | SV Hannover 96 | - | FC Bayern | 0:1 |
| VfL Bochum | - | FC Bayern | 1:3 | FC Bayern | - | VfL Bochum | 3:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 3:1 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 0:4 |
| FC Bayern | - | 1. FSV Mainz 05 | 4:2 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Bayern | 2:4 |
| 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 2:2 | FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 6:3 |
| FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 2:2 | VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 1:3 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 24 | 5 | 5 | 75:33 | +42 | 77 |
| 2 | FC Schalke 04 | 34 | 20 | 3 | 11 | 56:46 | +10 | 63 |
| 3 | SV Werder Bremen | 34 | 18 | 5 | 11 | 68:37 | +31 | 59 |
| 4 | Hertha BSC | 34 | 15 | 13 | 6 | 59:31 | +28 | 58 |
| 5 | VfB Stuttgart | 34 | 17 | 7 | 10 | 54:40 | +14 | 58 |
| 6 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 16 | 9 | 9 | 65:44 | +21 | 57 |
| 7 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 15 | 10 | 9 | 47:44 | + 3 | 55 |
| 8 | Hamburger SV | 34 | 16 | 3 | 15 | 55:50 | + 5 | 51 |
| 9 | VfL Wolfsburg | 34 | 15 | 3 | 16 | 49:51 | - 2 | 48 |
| 10 | SV Hannover 96 | 34 | 13 | 6 | 15 | 34:36 | - 2 | 45 |
| 11 | 1. FSV Mainz 05 | 34 | 12 | 7 | 15 | 50:55 | - 5 | 43 |
| 12 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 12 | 6 | 16 | 43:52 | - 9 | 42 |
| 13 | DSC Arminia Bielefeld | 34 | 11 | 7 | 16 | 37:49 | -12 | 40 |
| 14 | 1. FC Nürnberg | 34 | 10 | 8 | 16 | 55:63 | - 8 | 38 |
| 15 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 8 | 12 | 14 | 35:51 | -16 | 36 |
| 16 | VfL Bochum | 34 | 9 | 8 | 17 | 47:68 | -21 | 35 |
| 17 | FC Hansa Rostock | 34 | 7 | 9 | 18 | 31:65 | -34 | 30 |
| 18 | SC Freiburg | 34 | 3 | 9 | 22 | 30:75 | -45 | 18 |
| Vorrunde | Maccabi Tel Aviv | - | FC Bayern | 0:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Ajax Amsterdam | 4:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Juventus Turin | - | FC Bayern | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Juventus Turin | 0:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Maccabi Tel Aviv | 5:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Ajax Amsterdam | - | FC Bayern | 2:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Achtelfinale | FC Bayern | - | FC Arsenal | 3:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Arsenal | - | FC Bayern | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Viertelfinale | FC Chelsea | - | FC Bayern | 4:2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Chelsea | 3:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||