| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 3:0 | VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 1:3 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 2:5 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 1:0 |
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 3:0 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 0:0 |
| 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 2:1 |
| FC Bayern | - | SV Hannover 96 | 1:0 | SV Hannover 96 | - | FC Bayern | 1:1 |
| SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 5:2 |
| Hamburger SV | - | FC Bayern | 2:0 | FC Bayern | - | Hamburger SV | 1:2 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 2:0 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 0:0 |
| FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 3:0 |
| FC Bayern | - | MSV Duisburg | 4:0 | MSV Duisburg | - | FC Bayern | 1:3 |
| 1. FC Köln | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | 1. FC Köln | 2:2 |
| FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 3:1 | SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 3:0 |
| DSC Arminia Bielefeld | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | DSC Arminia Bielefeld | 2:0 |
| FC Bayern | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:1 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Bayern | 2:2 |
| VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 0:0 | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 3:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:1 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Bayern | 1:1 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 3:3 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 22 | 9 | 3 | 67:32 | +35 | 75 |
| 2 | SV Werder Bremen | 34 | 21 | 7 | 6 | 79:37 | +42 | 70 |
| 3 | Hamburger SV | 34 | 21 | 5 | 8 | 53:30 | +23 | 68 |
| 4 | FC Schalke 04 | 34 | 16 | 13 | 5 | 47:31 | +16 | 61 |
| 5 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 14 | 10 | 10 | 64:49 | +15 | 52 |
| 6 | Hertha BSC | 34 | 12 | 12 | 10 | 52:48 | + 4 | 48 |
| 7 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 11 | 13 | 10 | 45:42 | + 3 | 46 |
| 8 | 1. FC Nürnberg | 34 | 12 | 8 | 14 | 49:51 | - 2 | 44 |
| 9 | VfB Stuttgart | 34 | 9 | 16 | 9 | 37:39 | - 2 | 43 |
| 10 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 10 | 12 | 12 | 42:50 | - 8 | 42 |
| 11 | 1. FSV Mainz 05 | 34 | 9 | 11 | 14 | 46:47 | - 1 | 38 |
| 12 | SV Hannover 96 | 34 | 7 | 17 | 10 | 43:47 | - 4 | 38 |
| 13 | DSC Arminia Bielefeld | 34 | 10 | 7 | 17 | 32:47 | -15 | 37 |
| 14 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 9 | 9 | 16 | 42:51 | - 9 | 36 |
| 15 | VfL Wolfsburg | 34 | 7 | 13 | 14 | 33:55 | -22 | 34 |
| 16 | 1. FC Kaiserslautern | 34 | 8 | 9 | 17 | 47:71 | -24 | 33 |
| 17 | 1. FC Köln | 34 | 7 | 9 | 18 | 49:71 | -22 | 30 |
| 18 | MSV Duisburg | 34 | 5 | 12 | 17 | 34:63 | -29 | 27 |
| Halbfinale | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 1:2 |
| Vorrunde | SK Rapid Wien | - | FC Bayern | 0:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Club Brügge KV | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Juventus Turin | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Juventus Turin | - | FC Bayern | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | SK Rapid Wien | 4:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Club Brügge KV | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Achtelfinale | FC Bayern | - | AC Mailand | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| AC Mailand | - | FC Bayern | 4:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||