| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC Bayern | - | FC Hansa Rostock | 3:0 | FC Hansa Rostock | - | FC Bayern | 1:2 |
| SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 0:4 | FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 1:1 |
| FC Bayern | - | SV Hannover 96 | 3:0 | SV Hannover 96 | - | FC Bayern | 0:3 |
| Hamburger SV | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | Hamburger SV | 1:1 |
| FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 1:1 | FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 0:1 |
| Karlsruher SC | - | FC Bayern | 1:4 | FC Bayern | - | Karlsruher SC | 2:0 |
| FC Bayern | - | FC Energie Cottbus | 5:0 | FC Energie Cottbus | - | FC Bayern | 2:0 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 2:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 3:0 | 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 1:1 |
| VfL Bochum | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | VfL Bochum | 3:1 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 0:0 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 5:0 |
| FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 0:0 | SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 1:3 |
| VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 3:1 | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 4:1 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 2:1 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 0:0 |
| DSC Arminia Bielefeld | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | DSC Arminia Bielefeld | 2:0 |
| FC Bayern | - | MSV Duisburg | 0:0 | MSV Duisburg | - | FC Bayern | 2:3 |
| Hertha BSC | - | FC Bayern | 0:0 | FC Bayern | - | Hertha BSC | 4:1 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 22 | 10 | 2 | 68:21 | +47 | 76 |
| 2 | SV Werder Bremen | 34 | 20 | 6 | 8 | 75:45 | +30 | 66 |
| 3 | FC Schalke 04 | 34 | 18 | 10 | 6 | 55:32 | +23 | 64 |
| 4 | Hamburger SV | 34 | 14 | 12 | 8 | 47:26 | +21 | 54 |
| 5 | VfL Wolfsburg | 34 | 15 | 9 | 10 | 58:46 | +12 | 54 |
| 6 | VfB Stuttgart | 34 | 16 | 4 | 14 | 57:57 | ± 0 | 52 |
| 7 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 15 | 6 | 13 | 57:40 | +17 | 51 |
| 8 | SV Hannover 96 | 34 | 13 | 10 | 11 | 54:56 | - 2 | 49 |
| 9 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 12 | 10 | 12 | 43:50 | - 7 | 46 |
| 10 | Hertha BSC | 34 | 12 | 8 | 14 | 39:44 | - 5 | 44 |
| 11 | Karlsruher SC | 34 | 11 | 10 | 13 | 38:53 | -15 | 43 |
| 12 | VfL Bochum | 34 | 10 | 11 | 13 | 48:54 | - 6 | 41 |
| 13 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 10 | 10 | 14 | 50:62 | -12 | 40 |
| 14 | FC Energie Cottbus | 34 | 9 | 9 | 16 | 35:56 | -21 | 36 |
| 15 | DSC Arminia Bielefeld | 34 | 8 | 10 | 16 | 35:60 | -25 | 34 |
| 16 | 1. FC Nürnberg | 34 | 7 | 10 | 17 | 35:51 | -16 | 31 |
| 17 | FC Hansa Rostock | 34 | 8 | 6 | 20 | 30:52 | -22 | 30 |
| 18 | MSV Duisburg | 34 | 8 | 5 | 21 | 36:55 | -19 | 29 |
| Erste Runde | FC Bayern | - | Os Belenenses Lissabon | 1:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Os Belenenses Lissabon | - | FC Bayern | 0:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gruppenphase | FK Roter Stern Belgrad | - | FC Bayern | 2:3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Bolton Wanderers FC | 2:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sporting Braga | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Aris Saloniki | 6:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Dritte Runde | FC Aberdeen | - | FC Bayern | 2:2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Aberdeen | 5:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Achtelfinale | RSC Anderlecht | - | FC Bayern | 0:5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | RSC Anderlecht | 1:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Viertelfinale | FC Bayern | - | CF Getafe | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CF Getafe | - | FC Bayern | 3:3 n.V. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Halbfinale | FC Bayern | - | FK Zenit St. Petersburg | 1:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FK Zenit St. Petersburg | - | FC Bayern | 4:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||