| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FC Bayern | - | Hamburger SV | 2:2 | Hamburger SV | - | FC Bayern | 1:0 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 3:1 |
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 4:1 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 2:1 |
| 1. FC Köln | - | FC Bayern | 0:3 | FC Bayern | - | 1. FC Köln | 1:2 |
| FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 2:5 | SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 0:0 |
| SV Hannover 96 | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | SV Hannover 96 | 5:1 |
| FC Bayern | - | VfL Bochum | 3:3 | VfL Bochum | - | FC Bayern | 0:3 |
| Karlsruher SC | - | FC Bayern | 0:1 | FC Bayern | - | Karlsruher SC | 1:0 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 4:2 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 5:1 |
| SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 4:0 |
| FC Bayern | - | DSC Arminia Bielefeld | 3:1 | DSC Arminia Bielefeld | - | FC Bayern | 0:1 |
| FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 0:1 |
| VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 2:2 | FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 2:1 |
| FC Bayern | - | FC Energie Cottbus | 4:1 | FC Energie Cottbus | - | FC Bayern | 1:3 |
| TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 0:2 | FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 3:0 |
| FC Bayern | - | TSG 1899 Hoffenheim | 2:1 | TSG 1899 Hoffenheim | - | FC Bayern | 2:2 |
| VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 2:2 | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 2:1 |
| 1 | VfL Wolfsburg | 34 | 21 | 6 | 7 | 80:41 | +39 | 69 |
| 2 | FC Bayern | 34 | 20 | 7 | 7 | 71:42 | +29 | 67 |
| 3 | VfB Stuttgart | 34 | 19 | 7 | 8 | 63:43 | +20 | 64 |
| 4 | Hertha BSC | 34 | 19 | 6 | 9 | 48:41 | + 7 | 63 |
| 5 | Hamburger SV | 34 | 19 | 4 | 11 | 49:47 | + 2 | 61 |
| 6 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 15 | 14 | 5 | 60:37 | +23 | 59 |
| 7 | TSG 1899 Hoffenheim | 34 | 15 | 10 | 9 | 63:49 | +14 | 55 |
| 8 | FC Schalke 04 | 34 | 14 | 8 | 12 | 47:35 | +12 | 50 |
| 9 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 14 | 7 | 13 | 59:46 | +13 | 49 |
| 10 | SV Werder Bremen | 34 | 12 | 9 | 13 | 64:50 | +14 | 45 |
| 11 | SV Hannover 96 | 34 | 10 | 10 | 14 | 49:69 | -20 | 40 |
| 12 | 1. FC Köln | 34 | 11 | 6 | 17 | 35:50 | -15 | 39 |
| 13 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 8 | 9 | 17 | 39:60 | -21 | 33 |
| 14 | VfL Bochum | 34 | 7 | 11 | 16 | 39:55 | -16 | 32 |
| 15 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 8 | 7 | 19 | 39:62 | -23 | 31 |
| 16 | FC Energie Cottbus | 34 | 8 | 6 | 20 | 30:57 | -27 | 30 |
| 17 | Karlsruher SC | 34 | 8 | 5 | 21 | 30:54 | -24 | 29 |
| 18 | DSC Arminia Bielefeld | 34 | 4 | 16 | 14 | 29:56 | -27 | 28 |
| Vorrunde | FC Steaua Bukarest | - | FC Bayern | 0:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Olympique Lyon | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | AC Florenz | 3:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| AC Florenz | - | FC Bayern | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Steaua Bukarest | 3:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olympique Lyon | - | FC Bayern | 2:3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Achtelfinale | Sporting Lissabon | - | FC Bayern | 0:5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Sporting Lissabon | 7:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Viertelfinale | FC Barcelona | - | FC Bayern | 4:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Barcelona | 1:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||