| Hinrunde | Rückrunde | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TSG 1899 Hoffenheim | - | FC Bayern | 1:1 | FC Bayern | - | TSG 1899 Hoffenheim | 2:0 |
| FC Bayern | - | SV Werder Bremen | 1:1 | SV Werder Bremen | - | FC Bayern | 2:3 |
| 1. FSV Mainz 05 | - | FC Bayern | 2:1 | FC Bayern | - | 1. FSV Mainz 05 | 3:0 |
| FC Bayern | - | VfL Wolfsburg | 3:0 | VfL Wolfsburg | - | FC Bayern | 1:3 |
| BV Borussia 09 Dortmund | - | FC Bayern | 1:5 | FC Bayern | - | BV Borussia 09 Dortmund | 3:1 |
| FC Bayern | - | 1. FC Nürnberg | 2:1 | 1. FC Nürnberg | - | FC Bayern | 1:1 |
| Hamburger SV | - | FC Bayern | 1:0 | FC Bayern | - | Hamburger SV | 1:0 |
| FC Bayern | - | 1. FC Köln | 0:0 | 1. FC Köln | - | FC Bayern | 1:1 |
| SC Freiburg | - | FC Bayern | 1:2 | FC Bayern | - | SC Freiburg | 2:1 |
| FC Bayern | - | SG Eintracht Frankfurt | 2:1 | SG Eintracht Frankfurt | - | FC Bayern | 2:1 |
| VfB Stuttgart | - | FC Bayern | 0:0 | FC Bayern | - | VfB Stuttgart | 1:2 |
| FC Bayern | - | FC Schalke 04 | 1:1 | FC Schalke 04 | - | FC Bayern | 1:2 |
| FC Bayern | - | TSV Bayer 04 Leverkusen | 1:1 | TSV Bayer 04 Leverkusen | - | FC Bayern | 1:1 |
| SV Hannover 96 | - | FC Bayern | 0:3 | FC Bayern | - | SV Hannover 96 | 7:0 |
| FC Bayern | - | VfL Borussia Mönchengladbach | 2:1 | VfL Borussia Mönchengladbach | - | FC Bayern | 1:1 |
| VfL Bochum | - | FC Bayern | 1:5 | FC Bayern | - | VfL Bochum | 3:1 |
| FC Bayern | - | Hertha BSC | 5:2 | Hertha BSC | - | FC Bayern | 1:3 |
| 1 | FC Bayern | 34 | 20 | 10 | 4 | 72:31 | +41 | 70 |
| 2 | FC Schalke 04 | 34 | 19 | 8 | 7 | 53:31 | +22 | 65 |
| 3 | SV Werder Bremen | 34 | 17 | 10 | 7 | 71:40 | +31 | 61 |
| 4 | TSV Bayer 04 Leverkusen | 34 | 15 | 14 | 5 | 65:38 | +27 | 59 |
| 5 | BV Borussia 09 Dortmund | 34 | 16 | 9 | 9 | 54:42 | +12 | 57 |
| 6 | VfB Stuttgart | 34 | 15 | 10 | 9 | 51:41 | +10 | 55 |
| 7 | Hamburger SV | 34 | 13 | 13 | 8 | 56:41 | +15 | 52 |
| 8 | VfL Wolfsburg | 34 | 14 | 8 | 12 | 64:58 | + 6 | 50 |
| 9 | 1. FSV Mainz 05 | 34 | 12 | 11 | 11 | 36:42 | - 6 | 47 |
| 10 | SG Eintracht Frankfurt | 34 | 12 | 10 | 12 | 47:54 | - 7 | 46 |
| 11 | TSG 1899 Hoffenheim | 34 | 11 | 9 | 14 | 44:42 | + 2 | 42 |
| 12 | VfL Borussia Mönchengladbach | 34 | 10 | 9 | 15 | 43:60 | -17 | 39 |
| 13 | 1. FC Köln | 34 | 9 | 11 | 14 | 33:42 | - 9 | 38 |
| 14 | SC Freiburg | 34 | 9 | 8 | 17 | 35:59 | -24 | 35 |
| 15 | SV Hannover 96 | 34 | 9 | 6 | 19 | 43:67 | -24 | 33 |
| 16 | 1. FC Nürnberg | 34 | 8 | 7 | 19 | 32:58 | -26 | 31 |
| 17 | VfL Bochum | 34 | 6 | 10 | 18 | 33:64 | -31 | 28 |
| 18 | Hertha BSC | 34 | 5 | 9 | 20 | 34:56 | -22 | 24 |
| Vorrunde | Maccabi Haifa FC | - | FC Bayern | 0:3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Juventus Turin | 0:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Girondins Bordeaux | - | FC Bayern | 2:1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | FC Girondins Bordeaux | 0:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Bayern | - | Maccabi Haifa FC | 1:0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| FC Juventus Turin | - | FC Bayern | 1:4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Achtelfinale | FC Bayern | - | AC Florenz | 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| AC Florenz | - | FC Bayern | 3:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Viertelfinale | FC Bayern | - | Manchester United FC | 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Manchester United FC | - | FC Bayern | 3:2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Halbfinale | FC Bayern | - | Olympique Lyon | 1:0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Olympique Lyon | - | FC Bayern | 0:3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Finale | FC Bayern | - | FC Internazionale Mailand | 0:2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||